شیعه بودن خلیفه ناصر  بیشتر منابع تاریخی که درباره مذهب ناصرلدین الله سخن گفته اند، او را شیعه یا متمایل به شیعه معرفی کرده اند وهرکدام هم دلایلی بیان نموده اند. برخی از مورخان توجه ناصر به شعایر شیعی را دلیل شیعه بودن او برشمردند وبرخی حضور گسترده ی شیعیان در دستگاه حکومت او،وبرخی اقدامات او به نفع شیعیان واحترام به ائمه شیعه را دلیل شیعه بودنش ذکرنمودند.ومطالب دیگر که در بخش بعدی به آن پرداخته می شود.دراین بخش با توجه به اسناد و روایات به برخی از اقدامات ناصرلدین الله درباب شیعه وائمه طاهرین علیه السلام می پردازیم.

یکی ازمهمترین اقدامات او توجه وعنایت خاص به مشاهد متبرکه شیعیان بود؛ بخصوص به مشهد موسی بن جعفر(ع) احترام زیادی قائل بود تا جایی که درسال ۵۸۰ق مشهد امام کاظم(ع) را به عنوان مکان امن برای پناهندگان قرار داد. اگرچه این مسأله موجب تجمع افراد فاسد در این مکان گردید( ) اما در حقیقت هدف خلیفه احترام به این مکان بود.

یکی دیگر از اقدامات ایشان که در سال۶۰۶ق انجام گرفت این بود که او دستور داد در و شبکه ای از چوب ساختند ودر سرداب سامرا وبر قبّه ائمه مدفون در آنجا نصب کردند واین کار به وسیله ی معدبن حسین بن معد موسوی، برادرزاده ی نسب شناس بزرگ شیعه، فخّار بن حسین بن معد موسوی(م۶۳۰ق) صورت گرفت.( ) این اثر شیعی از دوره ی ناصر تاکنون باقی مانده است،( ) به این صورت که در سرداب منسوب به حضرت ولی عصر-عجّل الله تعالی فرجه الشریف- که در حرم عسکرین(ع) در سامرا واقع است، دری از چوب ساج با نقش کنده کاری وجود دارد که ترجمه متن منقوش چنین است: :بنام خداوند بخشنده مهربان. بگو من از شما اجر رسالت نمی خواهم، جز اینکه مودت ومحبت مرا در حق خویشاوندانم منظور دارید، وهرکه کار نیک انجام دهد ما برنیکویی اش می افزاییم؛ که خدا بسیار آمرزنده وپذیرنده ی شکر بندگان است.( )اقدام دیگر ناصر این بود که در سال۶۰۸ق دستور داد مسند احمد بن حنبل توسط یک فقیه شیعه به نام صفی الدین معدبن محمد موسوی در مشهدموسی بن جعفر علیه اسلام تدریس شود وآنچه مهم است این که اولین مطلبی که از این کتاب در این مکان تدریس شد، «مسندابوبکر وماجرای فدک» بود.( )


این خلیفه علاوه براینکه به مقابرائمه اطهار(ع) توجه داشت به محلات شیعه نشین واز جمله محله کرخ بغداد توجه خاصی داشت. به همین منظور در این محله در کنار دجله و در مجاورت آرامگاه عون ومعین که گفته می شود از فرزندان علی(ع) بوده اند رباطی به نام «خلاطیه» ساخت ودر آن آرامگاهی برای همسرش سلجوق خاتون، دختر سلاجقه ی روم، بنا کرد.( ) همچنین ناصر برای خودش آرامگاهی کنار مرقد حضرت موسی بن جعفر(ع) در کاظمین ساخت.( )